Es cierto que , coloquiálmente, cuando se utiliza el término adiestramiento con clicker nos estamos refiriendo a toda una filosofía y una forma de entender al perro, algo mucho más profundo que la herramienta en si. De hecho se puede realizar el mismo tipo de adiestramiento con cualquier otro marcardor, la voz, un juguete que pita, la voz.... 

Imaginemos que nuestro perro es sordo, evidentemente el clicker no sería la herramienta más apropiada, pero podríamos realizar exactamente el mismo trabajo utilizando un marcador luminoso. esta claro que el trabajo será algo más complejo ya que el perro habrá de ver la señal luminosa justo en el momento en el que ejecuta la conducta que queremos capturar. Otra opción sería utilizar un collar con un sistema de vibración como el del móvil, de esta manera el trabajo sería mucho más sencillo. La filosofía sería la misma utilizando distintas herramientas.

Los principios en los que se sustenta en adiestramiento con clicker (o cualquier otro marcador) son los mismos que en los que se basa el adiestramiento canino en general: los paradigmas del condicionamiento Instrumental u Operante. El supuesto principal de este tipo de condicionamiento es que un animal asocia mecánicamente una actividad con sus resultados, ya sean estos positivos o negativos. La diferencia radica en que el adiestramiento con clicker se sustenta en reforzar las conductas que deseamos que se repitan e ignorar o contracondicionar las conductas o comportamientos que deseamos que desaparezcan.

Podríamos decir que  esta cita de Thorndike es la máxima en la que se sustenta en adiestramiento con clicker. 

No olvidemos que el clicker en si no es positivo ni negativo, es un refuerzo condicional secundario, es decir, un marcador que indica que va a aparecer un refuerzo primario determinado. Evidentemente el clicker siempre lo asociamos a un refuerzo positivo y su sonido indica al perro que la conducta ofrecida tendrá recompensa.

En estas lineas no profundizaremos sobre el condicionamiento operante, pero puedes obtener más información en este artículo "Condicionamiento Instrumental u Operante".

Creo esencial hacer hincapié en que el "timing" es de vital importancia para un correcto aprendizaje utilizando marcadores, en el siguiente artículo puede encontrar más información al respecto "El timing, esencial para un correcto aprendizaje"